故事讲述了被人称为最后的名侦探结城新十郎，与他的拍档因果，组成了要解明这世上之谜及真实的侦探二人组合。在面对常理不能解释的谜题或案件时，靠着新十郎的推理及因果的协力，这些难题往往也会迎刃而解。然而，当新十郎对案件越发考虑之时，他便发觉某些地点的不对劲，并随着他的深入了解，他和因果更慢慢与某件大事件扯上关系。