掌控日本国家以后的御前会议上，众要员商量着以猎杀SPEC持有者为目标的“SIMPLEPLAN”，奇异的法蒂玛第三预言亦被提及。数天后，背地执行猎杀打算的政府成员突然于游艇上全员木乃伊化死亡。案件交由未详系的当麻纱绫（户田惠梨香饰）和濑文焚流（加濑亮饰）负责。调查途中两人接到志村美玲（福田沙纪饰）的求救电话，赶赴救援时与濑文的前同僚兼前恋人青池里子（栗山千明饰）不期而遇。当麻将美玲带回未详系，原本差不多死去的阳太/一十一（神木隆之介饰）竟从容现身于她们面前。尽力压制着蠢蠢欲动的左手，当麻无力的目睹美玲匆忙留下“一定要阻止法蒂玛第三预言”的信息后被阳太带走。\r\n　　在阳太的恶意煽动下，一般人类与SPEC持有者间的矛盾日益激化。身处两者夹缝之中，当麻对法蒂玛第三预言和人类以后的走向充满了迷惑。玛利亚、白衣教皇、左手持火之剑的天使……预言中的关键人物们若隐若现，黑暗落临的以后是否终将无法幸免？