四个情同手足的乌龟青年一直生活在隐秘的下水道中，在师父（成龙 配音）的训练下，他们成为了功夫高超的“忍者神龟”，渴望被人类接纳的四小只，在人类朋友艾普的关心下，开始追踪一个奇异的犯罪集团，但随着一支强大变种生物军队的落临，同样属于变种生物的忍者神龟们明白，这下大苦恼来了……