恐惧分子在一间教堂里散播病毒，导致俄罗斯东部一座都市完全消逝。同样的噩运立即落临日本，日本警视厅严阵以待，并请18岁的天才黑客高木藤丸（三浦春马 Haruma Miura 饰）协助参与其中。藤丸的父亲也是警察，原本负责这起案件，后因卷入误杀事件而被通缉。恐惧组织的折原麻弥（吉濑美智子 Michiko Kichise 饰）以生物老师的身份进入到藤丸所在的高中，并监视着藤丸。为了爱护妹妹小遥生命安全，藤丸不得已承诺了恐惧组织的要求盗取发电厂治理员密码给对方。在百货公司里，致命的bloody—x病毒怀疑被小丑散播，警视厅出动所有人力，为求保住东京市，差点让所有人命丧当地。幸好藤丸及时发觉病毒是假的，虚惊一场。但当所有人都临时放下心来时，恐惧组织差不多开始踏出真正的第一步。　　Bloody Monday，是所有死去的人最后讲出的话，也是最大的隐秘与阴谋。