本片讲述在1868年航运界传言南海中有海怪破坏船只各国政府被迫派遣军舰维护航道安全及调查海怪真伪不料调查舰被不明怪物撞沉只有阿洛亚斯教授助手康索及鱼叉手尼德蓝被鹦鹉螺核子潜艇救起该船由尼莫舰长指挥对运载军火船舰均予击沉尼莫敬重阿洛亚斯之成就将其视为上宾潜艇要返回瓦康尼亚基地中途到深海探究海底世界此处是该船粮食之要紧来源教授为其科技动力来自海底貂殖的技术惊叹不已但尼德蓝一心想逃跑却在荒岛中被食人族逐出他又查出基地位置用瓶子装信向外通知到达瓦康尼岛时军舰已围住该基地尼莫破坏基地引起核子爆炸尼莫亦中弹命危临死前将鹦鹉螺号驶入海底坟场加以破坏