21世纪初被哥斯拉夺走了地球的人类将一部分人类送往其他恒星系移居但这一打算以失败告终失意地回到地球的人类面对的是两万年后巨变的地球　　一切动植物都拥有哥斯拉细胞化作怪兽行星的地球君临于此的是身高超过300m的史上最老大斯拉哥斯拉地球　　燃起讨伐哥斯拉执念的主人公晴男与人类的子孙种族弗图亚相遇晴男等人在弗图亚双子姐妹玛伊娜和米亚娜的引导下发觉仍在持续增殖的对哥斯拉决战兵器机械哥斯拉的残骸他们使用构成残骸的纳米金属令武装要塞都市机械哥斯拉都市启动向哥斯拉地球发起挑战