将施奈德回老家之后，四只原本亲如兄弟的神龟由于没有了敌人，因此不再想以往一样一起战斗，而是各自在喜爱的领域内钻研，以往一起行动的忍者神龟们变成了四个独来独往的“独行侠”！　　这时，纽约市中发生一连窜的怪事。原来实业家马克西米林安•J•威特斯意图制服纽约市，隐秘培养了一支远古怪兽组成的军队，加上恶名昭彰的忍者组织Foot Clan，各种黑暗势力又在都市的角落里蠢蠢欲动！　　神龟们又处于备战状态了！他们再次联合起来，预备向黑暗势力出击！