2044年的纽约，大反派朗格勾结外星恶势力试图毁灭地球，大量外星人通过奇异传送门入侵，将都市化为灰烬。忍者神龟们虽负隅顽抗仍不敌敌人攻势，死伤惨重。怀抱着忍者最强武器——希望，忍者神龟们决定回到过去时空，寻到开启传送门的钥匙，阻止朗格，恢复世界和平。莱昂纳多的弟子凯西肩负起这一使命，他在过去时空与女记者艾普奥尼尔成功接头，并和忍者神龟莱昂纳多、米爽朗基罗、拉斐尔、多纳泰罗汇合，开启了挽救世界的行动。“我们的以后，我们自己做主”，忍者神龟们向朗格发起了终极挑战。